המיקרוסקופ האלקטרוני המודרני מבוסס על הגדלה אלקטרונית ולא על עדשות מגדילות, כמו המיקרוסקופ הקלאסי והמוגבל יחסית. המיקרוסקופ האלקטרוני משמש את מרבית החוקרים, מוסדות המחקר והאוניברסיטאות כיוון שהוא מגדיל בשיעורים עצומים, של לפחות פי 20,000 פעמים מהגודל המקורי.

באמצעות הגדלה של התצלומים שמתקבלים ממנו ניתן להגדיל גם פי 100,000 מהגודל של המרכיב הנחקר. באופן כזה מאפשרים חלק מהמיקרוסקופים האלקטרוניים לצפות במולקולה בודדת בתוך תאים (פיתוח שהיקנה למדענים שגילו אותו פרס נובל בכימיה) ואף את סידור האטומים הבודדים במולקולות החומר!


הנה מיקרוסקופ אלקטרוני חודר, מהמיקרוסקופים בעלי הרזולוציה הטובה ביותר בעולם (עברית):

http://youtu.be/i8SfOLrH1Ug?t=6s


הנה אטומים בודדים של פלטינום, כפי שצולמו ממיקרוסקופ אלקטרוני:

http://youtu.be/yqLlgIaz1L0